Darkside Chronicles se centra en el lado-obscuro de los protagonistas de 3 escenarios principales: Memorias de una Ciudad Perdida (Resident Evil 2); El Juego del Olvido (Code: Veronica) y Operación Javier.

Es la noche del 29 de Septiembre de 1998. Claire Redfield llega en su motocicleta a Raccoon City en busca de su hermano Chris, quien desapareció sin dejar rastro. La verdad es que luego de sobrevivir al incidente en la Mansión Spencer, Chris se embarcó en una intensa batalla personal para lograr que se iniciara una investigación formal de las operaciones de Umbrella Corp. en Raccoon City. Pero el Jefe de la policía de la ciudad, Brian Irons, hizo hasta la imposible para sabotear sus intentos en ése sentido. Lo que llevó a Chris a sospechar que Irons estaba en la nómina de Umbrella. A consecuencia de ello, Chris pide al FBI que le envíen un reporte sobre el Jefe Irons y Umbrella. Pero el reporte no llega a tiempo y Chris decide viajar a Europa con otro ex-miembro de la unidad S.T.A.R.S., Barry Burton, para así continuar con sus investigaciones. Chris hace todo lo anterior sin mencionarle nada a su hermana Claire, quien ahora está afanada por encontrarle la pista.

Recién reclutado por el Departamento de Policía, Leon S. Kennedy finalmente llega a Raccon City con las esperanzas de comenzar una nueva vida luego del abrupto rompimiento con su prometida. Pero tan pronto llega a la ciudad, se dá cuenta de que algo anormal está aconteciendo en aquella urbe. La población local parace estar sufriendo una extraña epidemia que les ha convertido en muertos-vivientes.

Leon recorre la ciudad en busca de sobrevivientes y es así como logra encontrarse con Claire Redfield. Ambos concuerdan en refugiarse de las masas de caníbales en la Estación de Policía. Para ellos, la estación no solo representa un excelente refugio, pero es también donde esperan hallar respuestas a muchas interrogantes. Claire sabe que su hermano trabajaba en aquella estación y posiblemente ahí encontraría algo que le informara sobre su paradero. En cuanto a Leon, él siente que es su deber reportarse a la estación, donde abría de iniciar labores aquél día. También considera que la estación es un buen punto de partida para descubrir lo que hay detrás de la catástrofe que amenaza con llevar a la ciudad entera, a la perdición.

Apartir de aquella experiencia, las vidas de Leon S. Kennedy y Claire Redfield quedarían marcadas para siempre. Y sin duda, habría de prepararles para lo que vendría después en el destino de cada uno de ellos... prepararles para cosas aún más traumatizantes.

El destino de Claire Redfield le llevaría a Europa, donde se entera que un base de Umbrella ha iniciado operaciones, luego de la eventual destrucción de Raccoon City. Motivada aún por encontrarle la pista a su hermano Chris, la jóven Claire se infiltra en la base localizada en Paris, Francia. Pero apesar de hacer gala de su destreza con las armas y las artes marciales, Claire no puede evitar ser capturada por las fuerzas de seguridad de Umbrella. Es enviada casi de inmediato, a una prisión ubicada en una solitaria isla al Sur del Ecuador.

Desorientada por encontrarse en un sitio tan singular, la confusión de Claire solo vá en aumento cuando se entera que la prisión ha sido atacada por una misteriosa fuerza bélica. Lo peor es que el T-Virus se ha propagado en la isla y Claire presiente que la calamidad ocurrida en Raccoon City está por repetirse. Por fortuna, Claire encuentra un rayo de esperanza cuando conoce a Steve Burnside, un jóven prisionero que parece saber la forma de escapar de la isla. Ambos unen sus fuerzas para abrirse camino por aquél infierno poblado por zombies y grotéscas creaturas.

Cuando llegan al centro de cómputo de la prisión, Steve le informa a Claire que Umbrella sigue de cerca los movimientos de su hermano Chris. Aprovechándo que se encuentran en ése lugar, Claire envia a Leon S. Kennedy un e-mail donde le pide que le diga a Chris la ubicación donde ellos se encuentran prisioneros.

Pero puesto que el lugar donde se encuentran está muy lejos del mundo civilizado, Claire considera que pasará mucho tiempo para que reciban ayuda alguna por parte de su hermano. Por lo que decide investigar el resto de la isla. Lo que le lleva adonde se encuentra una elegante mansión enmedio de aquél caos. La mansión guarda muchos secretos en su interior. Muchos de los cuales, habían caido en aparente olvido.

La fuente de aquellos secretos, emana de la familia Ashford. Solo un representante de dicha familia muestra señales de vida. Y ése es Alfred Ashford, quien a todas luces ha perdido la razón. A medida que Claire y Steve tratan de buscar una salida de la isla, Alfred se divierte tratando de minarles el camino hacia la libertad.

Claire considera a Alfred como una pieza clave para resolver muchos de los misterios que envuelven a su familia y a la propia corporación Umbrella. Luego de varias peripecias, logran penetrar en la guarida secreta de Alfred, donde descubren que mantiene una existencia de lo más insana y que involucra a su hermana gemela, Alexia. Es una revelación que provoca que Alfred pierda por completo los estribos y active el sistema de auto-destrucción de la Isla. Sin perder tiempo alguno, Claire y Steve se dirigen a un aeropuerto sub-acuático en donde abordan un avión de carga. Pronto se dan cuenta que Alfred no está dispuesto a dejar que se escapen. Y cambia el rumbo de la aeronave, para dirigirle a un nuevo destino: la Antártida.

Claire se entera que Umbrella mantiene una base en aquél desolado lugar. Así como una mina. Al explorar la base, los protagonistas se enteran que Alfred realmente tenía una hermana gemela llamada Alexia. Y que ésta había muerto a causa de un accidente no especificado. Aquella desgracia, aunada a la muerte de su padre apenas unos años antes, aparentemente eran la causa de la locura de Alfred. En otra parte de la base, nuestros protagonistas encuentran una grabación realizada por Alexander Ashford, el padre de los gemelos. En ella, el patriarca confiesa algunos detalles sobre la familia y Umbrella. También dá una pista sobre lo que realmente le ocurrió a su hija Alexia.

Mas tarde, Claire y Steve se enfrentan a Alfred en un tiroteo. Logran herirle de muerte y éste desaparece en un negro abismo. De pronto, un rugido no-humano se escucha provenir de aquél abismo. Claire y su acompañante no pierden tiempo y toman camino hacia un helipuerto. Es ahí donde se enfrentan con la legendaria creatura que se decía que aterrorizaba a los mineros durante las noches. Luego de una feroz batalla, Claire logra vencer al enemigo y acto seguido, toman rumbo hacia una base Australiana cercana.

Lo que no saben, es que Alfred aún no ha muerto... haciendo un último esfuerzo, el villano logra activar un sistema que deja en libertad a una nueva y terrible amenaza... Alexia.

El destino de Leon quedaría fijado desde el momento en que aceptó trabajar para el gobierno norteamericano. Su experiencia en Raccoon City, le proporcionó una ventaja enorme sobre otros candidatos al puesto que ahora ocupaba dentro de la agencia secreta. La misma que investigaba las maniobras de Umbrella en todo el mundo.

Es el año 2002 y la agencia es notificada de que un narcotraficante con base en América del Sur llamado Javier Hidalgo, ha entablado contacto con un investigador prominente de Umbrella. Luego de dicho encuentro, la agencia le pierde todo rastro a Hidalgo. Lo que en consecuencia motivó a la agencia a poner en marcha una misión que denominó: Operación Javier.

Debido a lo complicado de la misión, la agencia decidió enviar a dos operativos. El primero de ellos es alguien que conoce de primera mano, las armas bio-orgánicas de Umbrella y que sabe cómo hacerles frente: Y ése es Leon S. Kennedy. El segundo operativo es alguien que tiene una vasta experiencia en misiones de combate: Jack Krauser. Es de hecho, un miembro del Comando Especial de los Estados Unidos. La Operación Javier, significará la primera vez que ambos operativos trabajarán juntos.

Los dos son depositados en la selva amazónica con un primer objetivo por cumplir: encontrar a un hombre en una aldea cercana que les servirá de guía. El cual les conducirá adonde se encuentra un poblado conocido como Amparo. Es ahí mismo, donde los reportes indican que Javier Hidalgo ha establecido su base de operaciones.

Una vez que llegan a la aldea, Leon y Krauser encuentran el lugar en una extraña condición. Mucha de la población está ausente. Y sobre las paredes del lugar, descubren numerosos cartelones con los rostros de jóvenes que se encuentran extraviadas. Krauser percibe el olor a muerte en el aire. Muerte provocada por una batalla. Es un olor del que está muy familiarizado.

Poco a poco, descubren a los habitantes merodeando entre los callejones de la aldea. Al entrar en contacto con ellos, se dan cuenta que son víctimas de un virus que les ha transformado en zombis. Es algo muy parecido al T-Virus, pero no en su totalidad. Lo que hace que Leon se cuestione lo que hay detrás de la nueva variante del virus asesino.

Pero los dos operativos no tienen tiempo para ponderar demasiado la situación. Los aldeanos convertidos en zombis, les atacan en todo momento. Lo que les motiva a buscar al guía con mayor intensidad. Ya que nada con vida podría sobrevivir en aquél infierno por mucho tiempo.

Finalmente, encuentran al guía en malas condiciones dentro de una choza. Apenas logran dar con él justo antes de que desfalleciera. Solo pudo decir las siguientes palabras: "L-la chica... ella atrajo a los diablos a ésta aldea... ella escapó de la Mansión de Javier..."

Apartir de ése momento, el objetivo de Leon y Krauser es dar con la misteriosa chica. Pues al parecer, ella es una pieza sumamente vital en los planes de Javier Hidalgo.

Esos mismos planes, vincularán a Amparo con los incidentes virales ocurridos en años anteriores.